| nom | description_fr |
|---|---|
| organization_name | Nom de l’institution responsable de l’expérimentation |
| suborganization_name | Unité (appartenant à une organisation plus large). |
| Email de la personne | |
| expe_id | Identifiant de l’expérimentation (URI ou autre) |
| expe_obj | Objectif(s) de l’expérimentation |
| expe_desc | Description de l’expérimentation et des objectifs poursuivis |
| expe_start_date | Date de début de l’expérimentation. Elle est exprimée au format AAAA-MM-JJ suivant la norme internationale ISO 8601. |
| expe_end_date | Date de fin de l’expérimentation. Elle est exprimée au format AAAA-MM-JJ suivant la norme internationale ISO 8601. |
| design_plan | Type de plan d’expérience |
| proj_id | Identifiant du projet (URI ou autre) |
Le modèle Excel STAR est un classeur Excel permettant de standardiser les données collectées lors des expérimentations en protection des cultures.
Il s’appuie sur un vocabulaire défini et harmonisé entre expérimentateurs. Les données sont structurées en tables cohérentes avec un modèle de données explicite.
Cette standardisation est nécessaire pour faciliter le partage, la mise en commun (méta-analyse) et la réutilisation des données. Elle permet aussi d’automatiser le traitement des données (analyses statistiques, visualisation, reporting).
Le modèle vierge et un exemple pré-rempli sont disponibles en ligne.
Le modèle permet d’organiser les données suivantes :
- l’expérimentation : description et objectifs poursuivis
- la parcelle : cépage, localisation
- le plan d’expérience : modalité et placettes
- les conditions météo
- la traçabilité des traitements et des évènements survenus lors de l’essai
- les données d’observation collectées
L’ensemble est accompagné d’un dictionnaire de données avec définitions, unités et types des valeurs attendues (texte, nombre, date).
Description de l’expérimentation
La description de l’expérimentation est réalisé dans la feuille expe (Table 1). La notion d’expérimentation est équivalente à celle d’un essai mené en protection phytosanitaire.
Les champs expe_id et expe_obj sont obligatoires. expe_id est l’identifiant de l’essai, à défaut son nom.
Tip
Une bonne pratique est d’identifier un essai selon une convention de nommage qui peut-être le site (ou plateforme), le nom de l’essai et l’année de réalisation, par exemple : IFV30_teisso_2024.
Il est possible de stocker les données de plusieurs expérimentations, à condition qu’elles soient réalisées sur la même parcelle agricole :
- cas d’expérimentations différentes réalisées sur plusieurs années
- cas de plusieurs expérimentations réalisées la même année, sur une même parcelle agricole (plateforme d’essais)
Note
Les champs obligatoires indiqués en gras et en jaune dans chaque feuille du fichier modèle.
Le contexte expérimental
Description de la parcelle
La parcelle sur laquelle ont lieu la ou les expérimentations est décrite dans la feuille du même nom (Table 2). Aucune donnée n’est obligatoire ici, mais la localisation de la parcelle est recommandée. Le cépage est sélectionnable dans une liste déroulante, si cette liste s’avère incomplète, il est possible de saisir librement. Dans ce cas, faites une demande au gestionnaire du fichier.
| nom | description_fr |
|---|---|
| field_id | Identifiant de la parcelle expérimentale (URI ou autre) |
| field_name | Nom (ou code) de la parcelle sur laquelle l’expérimentation a lieu |
| cultivar_name | Nom de la variété (et clone si connu) produisant les fruits. Format de type “Syrah N Cl300” ou “Grenache B”. Utiliser la nomenclature de https://www.plantgrape.fr/fr |
| row_spacing | Ecartement entre les rangs de vigne, en m |
| plant_spacing | Ecartement entre les ceps de vigne sur le rang, en m |
| commune_name | Nom de la commune sur laquelle se trouve la parcelle |
| commune_insee_id | Code INSEE de la commune (5 caractères alphanumériques) |
| field_latitude | Latitude du centroïde de la parcelle (degrés décimaux WGS84) |
| field_longitude | Longitude du centroïde de la parcelle (degrés décimaux WGS84) |
Les conditions climatiques
Les conditions climatiques dans lesquelles s’est déroulée l’expérimentation sont stockées dans la feuille meteo. Les données peuvent être journalières ou horaires selon les cas. Certaines variables sont proposées par défaut (Table 3), mais ne sont pas nécessairement toutes renseignées. De même, il est possible d’ajouter de nouvelles variables. Il est possible de supprimer les colonnes inutilisées.
| nom | description_fr |
|---|---|
| meteo_datetime | Date (heure) de l’observation météo. Format AAAA-MM-JJ ou AAAA-MM-JJ HH:MM |
| air_tmean_celsius | Température moyenne de l’air sur la période de mesure en degrés Celsius |
| air_tmax_celsius | Température maximale de l’air sur la période de mesure en degrés Celsius |
| air_tmin_celsius | Température minimale de l’air sur la période de mesure en degrés Celsius |
| rain_mm | Pluie sur la période de mesure en mm |
| air_hmean_p | Humidité relative moyenne de l’air sur la période de mesure en pourcentage. |
| air_hmax_p | Humidité relative maximale de l’air sur la période de mesure en pourcentage. |
| air_hmin_p | Humidité relative minimale de l’air sur la période de mesure en pourcentage. |
Important
Si vous ajoutez des variables, pensez à compléter le dictionnaire de données !
Le plan d’expérience
Les modalités
Les traitements expérimentaux, communément appelés modalités, sont décrits dans la feuille modalite (Table 4).
Ils sont associés à une expérimentation : en cas de partage de certaines modalités entre différents essais, il faudra dupliquer la modalité pour avoir une déclaration complète des modalités suivies dans chaque essai.
| nom | description_fr |
|---|---|
| expe_id | Identifiant de l’expérimentation (URI ou autre) |
| xp_trt_code | Code de la modalité (traitement expérimental) |
| xp_trt_name | Nom court de la modalité (traitement expérimental) |
| xp_trt_desc | Description et commentaires sur le traitement expérimental |
Les placettes
La feuille placette permet de déclarer les placettes et leur position sur la parcelle (Table 5). Une placette est un ensemble de plants de vigne qui reçoivent un même traitement expérimental. Autrement dit, ce sont les unités expérimentales de l’essai.
Chaque placette doit avoir un identifiant unique, qui ne peut pas être répétés dans la parcelle. On peut par exemple faire une combinaison du code du bloc et du code de la modalité, (à condition de n’avoir qu’une répétition par bloc !).
Tip
Pour numéroter les placettes (ou unités expérimentales), il est recommandé d’adopter un code alphanumérique du type P1, P2, …, Pn avec une numérotation incrémentale. Cela évite d’être influencé dans les notations.
| nom | description_fr |
|---|---|
| plot_id | Code de la parcelle unitaire (ou élémentaire) permettant son identification unique au sein de l’expérimentation |
| xp_trt_code | Code de la modalité (traitement expérimental) |
| block_code | Code du boc sur la quelle est située l’unité expérimentale. Un bloc regroupe plusieurs unités expérimentales. Les blocs sont utilisés pour réduire la variabilité expérimentale et améliorer la précision des comparaisons entre les traitements. |
| plot_x | Position de la parcelle unitaire en coordonnées relatives x. Typiquement, cela peut être un numéro de rang. |
| plot_y | Position de la parcelle unitaire en coordonnées relatives y. Typiquement, cela peut être le numéro de la 1er souche de la placette à partir du début du rang. |
| plot_n | Nombre de ceps dans la parcelle unitaire |
| plot_desc | Description ou commentaire sur la placette |
Tip
Copier-coller dans cette feuille une image du plan d’expérience pour le visualiser facilement. Il est possible de générer cette image avec le package R
startbox.
Traçabilité et évènements
Les traitements phytosanitaires
Chaque traitement phytosanitaire appliqué doit être enregistré dans la feuille ppp (Table 6) La saisie se fait par modalité. En cas de traitement de couverture, concernant toutes les modalités, il est nécessaire de dupliquer les lignes pour déclarer le traitement de couverture pour chaque modalité.
Le nom du produit et son numéro d’AMM peuvent être trouvés sur le site e-phy.
| nom | description_fr |
|---|---|
| p_app_code | Code de l’application, généralement séquentiel pour les traitements (T1, T2 …) |
| xp_trt_code | Code de la modalité (traitement expérimental) |
| p_app_date | Date d’application du produit phytosanitaire |
| bbch_stage | Stade phénologique lors de la mesure (échelle BBCH) |
| p_name | Nom du produit phytosanitaire |
| p_amm | Numéro d’Autorisation de Mise sur le Marché du produit phytosanitaire |
| p_dose | Dose de produit phytosanitaire appliqué |
| p_dose_unit | Unité de la dose de produit appliquée |
| p_operator | Personne ayant réalisée l’application |
| sprayer_name | Nom ou code du pulvérisateur utilisé |
| p_app_vol_rate | Volume hectare appliqué lors d’un traitement, en L/ha |
Les évènements
La feuille evenement (Table 7) permet d’enregistrer toute sorte d’évènements pouvant survenir au cours de l’essai selon les différents types suivants :
- accident climatique : un accident de type gel, grêle…
- incident technique : tout problème pouvant affecter la bonne conduite de l’expérimentation
- inoculation : opération d’inoculation, en particulier pour les expérimentations en plateforme de brumisation inoculée avec du mildiou
- note : toute note ou remarque utile
- observation : action d’observation réalisé sur l’expérimentation.
Le champ event_description permet de préciser la nature de l’évènement, et les éventuelles implication pour l’essai.
| nom | description_fr |
|---|---|
| event_date | Date (et heure) de l’événement |
| event_type | Type d’évenement survenu lors de l’expérimentation : accident climatique, accident ou incident technique… |
| event_description | Description libre de l’événement |
La traçabilité du fichier
Les actions sur le fichier sont elles-mêmes enregistrées dans une feuille dédiée à la traçabilité, nommée suivi_data (Table 8). Ces actions sont enregistrées soit manuellement par l’opérateur, soit automatiquement en cas de manipulation du fichier via le package startbox.
Le principe est de décrire la source des données, la nature de l’action effectuée, par qui et quand, et les données résultantes.
| nom | description_fr |
|---|---|
| dataop_date | Date de l’opération sur les données |
| dataop_desc | Description de l’opération réalisée sur les données (importation, mise à jour…) |
| dataop_agent | Opérateur réalisant la manipulation des données |
| dataop_input | Nom de la source des données (Par exemple TopVigne, POM…). Pour une feuile Excel, nom de la feuille |
| dataop_output | Nom de la table de donnée en sortie de l’opération sur les données (nom de la feuille sous Excel) |
Les données observées
Les données observées sont enregistrées dans une ou plusieurs feuilles du classeur. Le nom d’une feuille de donnée doit obligatoirement commencer par le préfixe data_. Dans le cas contraire, elle ne sera pas lue par le package startbox.
Chaque observation doit être associée à une placette plot_id, est réalisée à une date et un stade phénologique donné, et associé à une ou plusieurs variables observées (Table 9).
Les stades phénologiques sont déclarés dans l’échelle BBCH.
Les variables doivent être déclarées dans le dictionnaire de données. Certaines sont déjà enregistrées par défaut dans ce dictionnaire.
| nom | description_fr |
|---|---|
| observation_date | Date de réalisation de l’observation. |
| bbch_stage | Stade phénologique lors de la mesure (échelle BBCH) |
| plot_id | Code de la parcelle unitaire (ou élémentaire) permettant son identification unique au sein de l’expérimentation |
Le dictionnaire de données
Le dictionnaire de données est dans la feuille dictionary. Le principe est de décrire toutes les colonnes (variables) existantes dans le fichier. Chaque colonne est décrite par :
- nom : son nom de colonne
- description_fr : une description en français expliquant son contenu
- trait : dans le cas d’une variable, le trait associé à la variable. Le trait est la caractéristique observée sur une entité, par exemple la hauteur de plante.
- method : la méthode de mesure ou d’observation
- unit : l’unité dans laquelle est exprimée la variable
- Rclass : sa classe dans l’environnement R (character, numeric, date, integer)
- uri : l’identifiant de type URI de la variable
- is_variable : s’il s’agit d’une variable mesurée (ou observée)
- has_eloa_class : la classe associée de l’entité décrite par le champ.